县境处天台山、会稽山、括苍山、仙霞岭等山脉之发脉处，为大盘山的中心地段。山脉以海拔1245米的大盘山主蜂和海拔1314米的清明尖(又名青梅尖为主轴，向东北和西南延伸，分脉伞形展布，整个县由峦重重叠叠，地形极为复杂。为钱塘江、曹娥江、灵江、瓯江4大水系的发源地之一，素称“群山之祖，诸水之源”。
气候属亚热带季风区，温暖湿润，雨量充沛，四季分明。春季来迟而多雨；夏秋短而易早，并易受台风袭击；冬季干燥，冬春之交多霜雪冰冻。
境内自然资源较丰富。野生动植物品种繁多。中药材、茶叶、食用茵、蔬菜、瓜果品质特优。有“药材宝库”之誉和“万山菇国”之称。矿产有铁、锰、萤石、方解石、石英、陶瓷土等。其中萤石、石英、花冈岩和陶瓷土蕴藏量最丰。其他资源有待系统勘探。
【地层】
县境内出露地层为中新生代，上侏罗统火山岩系最发育，次为白垩系陆相碎屑岩，再为第四系松散沉积物，少量上第三系玄武岩。
上侏罗织火山岩系境内火山岩系呈北东——南西向带状展布，与区域构造线之向相一致，属于壶镇——回山火山岩带，为一套以酸性火山碎屑岩为主的火山沉积岩系，岩性复杂，相变急烈，按岩性可分四段：
第一段上株罗统火山岩系b段(J3b)。分布较广，主要出露在岭口九桥，万苍仰瓦山(万苍山)，山环小坑门——窃川水坞冈，云山双尖头和方前青山尖等地，面积约27平方公里。主要岩性为青灰、紫灰块状流纹质含砾晶屑熔凝灰岩，或玻屑晶屑凝灰岩，厚度大于1000米。
第二段上侏罗统火山岩系C段第一亚段(J3C一1)。分布最广，出露面积约836平方公里，占全县面积的69.9％。其特点为厚度大(约746—1800米)相变剧烈，岩性复杂，以酸性或中酸性玻屑为主的一套火山碎屑岩间夹沉积岩，主要岩性为青灰紫灰色含砾流纹质或英安质玻屑熔结凝灰岩等。
第三段上侏罗统火山岩系C段第二亚段(J3C一2)。仅见于新渥、深泽白垩纪盆地之南缘，出露面积很小，其岩性为青灰、黄褐色砂砾岩、凝灰质砂砾岩、沉凝灰岩夹粉砂岩等。
第四段上株罗统火山岩系D段(J3d)。零星分布于境内北半部，见于尖山镇东侧、九和乡东南部，尚湖镇西北部和窈川乡北部，出露面积18平方公里。主要岩性为流纹岩，流纹斑岩和球泡流纹岩，厚度170—600米。
下白垩统境内仅在断陷盆地和山间洼地中出露。分布不广，见于深泽、仁川和方前，面积57平方公里。仅有馆头组和朝川组。馆头组岩性为黄绿、浅灰或灰黑色粉砂岩，局部夹多层火山碎屑岩、泥岩和页岩，厚170—600米，底部常有底砾岩。朝川组岩性为紫红色砂岩、泥岩，常含钙质结核，并间夹较多的火山岩层，厚650一1350米，其分布地域基本与馆头组同，而面积较之为广。
上新统嵊县组主要分布于万苍至胡宅一带，呈北东向展布，出露面积为12平方公里。主要岩性为玄武岩，夹有砂和砂砾层，偶夹褐煤透镜体，最大厚度为280米。
全新统冲积层仅见于尚湖和各水系两例，面积为60平方公里，二元结构明显，下部黄色、黄褐色松散砾石层、砂砾层，上部黄色、褐色含砂砾亚粘土，常作耕作土。
火山岩境内火山岩分布广泛，出露面积大于80％，按其不同产状可以分为喷出岩和次火山岩。喷出岩是境内出露最广的一种火山岩，有熔岩和碎屑岩类之分。从岩性上看大致有：超基性岩类为玻基辉橄岩，在尖山上新统嵊县组的下部。基性岩类包括灰黑色玄武岩(见于深泽塘下)，和灰黑色橄榄玄武玢岩(产于白云山)，和灰黑色橄榄色玄武玢岩为主，有时由于气孔发育，局部成为玄武浮岩(见于尖山)。中基性岩类为安玄岩(产于白云山)，中性岩类为深灰色辉石安山岩(出露于白云山)。中酸性岩类主要为英安玢岩，产于第一段、第二段，以第二段为主。酸性岩类有流纹斑岩、霏细斑岩和珍珠斑岩等，主要产于第四段、第一段，次火山岩境内分布零星。主要岩性有安山玢岩，见于学由、后塘、牛路溪，安文镇打鸟冈等地。英安玢岩产于下坑、赐敕、方山、中田等地，流纹斑岩出露在金村大塘、方山等地；辉绿玢岩产于探泽金仙寺。灰黑色霞石碱煌岩，见于仁川乡月岭和方前镇。
侵入岩境内所见均为小岩脉，零星散布在火山岩地区。从岩类看基性岩到酸性岩均有。出露岩性，包括辉绿玢岩、辉绿岩、正长辉长岩、玄武玢岩、英安玢岩、流纹岩、流纹斑岩、霏细斑岩、石英霏细斑岩和花冈斑岩。分别见于岭口、安文、大盘、仁川、窈川、深泽、尚湖、九和、双峰等地。
【构造】
境内以断裂构造为主，褶皱构造不发育。全区断裂纵横交错，构成一幅颇为复杂的构造图像。
新华夏系构造这是境内最发育的构造体系，构成了县境的主要格架，而以缙云壶镇——新昌回山带，为境内最显著的构造带。它断裂发育，无论是断距、规模和延伸长度都比较大，多为高角度的仰冲断裂。
帚状构造位于安文镇北东方向和窈川北部，为壶镇——回山新华夏系构造带中之派生的低序次构造。这一帚状构造由三条旋扭断裂组成，其收敛部位在窈川附近，与新华夏系断裂重接复合，环状断裂近于圆形。
华夏式构造境内中部和东部地区，以40°~60°方向展布的压性结构面为主体的华夏式构造。主要有白云山——岗头断裂，总体走向北东45°，长约24公里。
东西向构造主要有岭口断裂，长约20公里，断面舒缓波状，倾向北，倾角60°。伯塘岭——上马石断裂，西段为东西走向，全长约15公里。
【地形】
全县属中低山为主的纯山区。可划分为3个地形区。
中南部低中山区系大盘山脉的主体部分，包括九和、山环、窈川、墨林、大盘、方前、四协、维新、盘峰、高二、天网、双峰、双溪等乡镇，以及仁川、云山、尚湖、安文的一部分。其特点是：地势陡峭，山峰林立，主要山峰在1000米以上。由于山体长期受外力的剥蚀，往往构成山顶成尖形和锯齿状，坡度在25度以上，相对高度大于400米，切割深度大于200米，冲沟发育，沟谷密集，多呈“V”形。
东北低山台地区位于镜内东北部，包括前山、胡宅、尖山、岭口、玉蜂、万苍等乡镇和尚湖镇的北部。其特点是：海拔较高，而台地内切割较弱，起伏和缓；地表呈浅丘状，谷底开阔，而台地外围切割强烈，边缘山峰在700一800米之间。最明显的是夹溪自五丈岩水库以下的河段，河谷与台地的相对切割高度在200米以上，故有“小三峡”之称。
西南低山丘陵区主要分布于新渥、冷水、深泽等乡镇以及安文镇和仁川、云山乡的一部分。主要特征是低山、丘陵、河谷相间；低山多在海拔700米以下，其中形成不连片的丘陵小盆地。
【气温】
县内地形复杂,气温差异较大，年平均气温为13.9—17.4℃，(深泽1961—1980年平均为16.1℃)，年积温为4255—5534℃(深泽年积温为5030℃)。1月份最冷，平均气温2.0—4.3℃。7月份最热，平均气温25.6-28.8℃。极端最高气温(史姆海拔230米)40.6℃。极端最低气温(尖山海拔510米)一15.20℃。
【降水】
全年降水季节不均，有两个相对雨季和干旱期。3、4、5、6月为多雨季节。7、8月份高温、少雨、蒸发量大，农田和人民生活需水量增多而存在着每年不同程度的干旱缺水现象。严重干旱年机率较高，对农业生产威胁很大。8、9月份，因极峰南移和台风的影响，降水量显著增加，它对解除伏秋的干旱作用很大。10月后，降雨又明显减少，成为第二旱期。
境内平均降水1573毫米，总量18.81亿立方米。但降水年际变化大，时空分布不均。4—9月可降1014毫米，占全年的70.12％；而10月至次年3月这半年仅423毫米，占29.88％。降水量多的年份达1859.9毫米。而最少的年份只有1107.9毫米。7—9月降水虽有429.6毫米，但正值高温季节，蒸发量大，溪流枯竭，易成干旱。
【日照】
受季节、云层分布和地形的影响，县境年日照时数为1715.9小时。一年中以7、8两月最多(每月约217小时)，2月日照时数最少(每月约118小时)，其余月份介于两者之间。各时段的日照时数：11—5月，(为春花作物全生育期)约837小时，此时一般雨量较少；4—7月，(早稻全生育期)，约612小时，而7月水稻进入灌浆成熟时期，日照时数约219小时，对促进光合作用提高千粒重提供了有利条件；7－10月，日照时数约749小时，时全年日照最多的时段。但8月下旬至9月下旬为杂交晚稻分蘖孕穗期，常逢秋雨连绵，日照时数减少，又值次时极易出现低温，对晚稻扬花灌浆不利，常使双季晚稻减产。常年低温过后，还有一段晴朗天气，气温回升。
【霜雪】
全年无霜期为200-243天,有霜期为165-122天。霜日天数1月最多，12月和2月次之，也有3月和12月就下霜。早霜危害1949－1984年的36年间就发生过11年。1958年10月28日早霜，大批玉米受害。低温暗霜危害，1957－1983年的27年重就发生过19年，1981年9月10日低温，持续6天，晚稻严重减产。
高山多雪。1961年2月16日，降雪53.7厘米，积厚55厘米，有的山在1米以上。1964年2月23日暴雪积厚60—80厘米，松杉毛竹折断无数，房屋倒塌颇多。也有骤冷降霜。农作物和牲畜受到严重冻害，外出樵牧因而得病者，时有发生。
【四季特征】
春季回暖迟，秋季降温早，形成冬春长而夏秋短的特征。由于海拔高度不同，地形颇为复杂，日照和热量状况等各地区类型不同，形成不同的四季特征。
境内山峦重叠，溪流纵横交叉，野生植物资源十分丰富，地下蕴藏着许多矿产、水等。
【矿产】
磐安复县后，为全国科技扶贫试点县之一。1986年，浙江省民政厅、地质矿产局、省科学技术协会同金华市科学技术协会联合组织综合科学技术考察队，进行为时11天的现场考察，全县已知各类矿床、矿化点和情报点共82处。
铁矿矿点有：新渥镇西庄，尚湖镇尚湖，胡宅乡金村，尖山镇管头、林庄，新渥镇外田口、翠峰寺，深泽乡上亨堂后山，安文镇双溪口，方前镇溪流砂滩，双溪乡史姆。
锰矿有天网乡胡八坑，大盘乡百廿秤。
铅锌矿双溪乡史姆里坞头。
钴土矿尖山镇藤潭冈和楼下宅。
锤铅锌银硫化九和乡葛衣岭。
煤矿踏勘矿点共6处：维新乡狮峰岭，云山陈华坑，仁川乡方山，安文镇胡村，大盘乡南桥，方前镇方前。
褐煤尖山镇塘头和里光洋。
泥炭胡宅乡横路。
硅化木新渥镇翠峰柏山。
萤石矿浙江省第七地质大队自1985年起，对全县萤石资源经过三个阶段的普查，就56处矿点的现有资料分析，总贮量为357万吨，其矿藏由北向南可分为张斯——丁界，九和——窈川。安文、冷水等4个萤石矿集中区，其中九和坞塘萤石为中型矿，矿藏量为58.15万吨，加上周围矿点，共有藏量约67.45万吨。
民间现有少量开采，平洞和露天采点72处，年开采总量5万吨。品位相对较高，根据矿样可浮性试验表明，可浮选出一级乃至特级萤石精粉产品。中国非金属工业总公司曾建议：引进外资，建设一个年产2—3万吨的茧石粉浮选厂。根据地质部门论证，县内有足够的储量可以保证日处理150吨浮选厂的萤石原料供应。为县内优势矿种之一，前途十分广阔。
白云岩情报点有双峰乡大皿村西角坞。
黄铁矿维新乡西峰岭、新渥镇大麦坞、墨林乡东坑口、仁川乡黄余田、山环乡黄林坑、双峰乡大皿、九和乡南坑。
方解石深泽乡屋楼，方前镇烂泥坑，大盘乡北桥等3处。还有万苍情报点1处。
石灰岩仁川乡方山，云山乡白云山，方前镇方前。
石英境内石英矿生存，受新华夏系构造和东西向构造联合控制，矿体呈东西向和北东向展布。已知矿点3处：黄林坑、枫树箬岭头、铜钿东冈，其中黄林坑储量30万吨以上。
仁川乡胡庄和冷水乡泗岩相接的如公尖山麓，经度120。20’37”，纬度28。52’54,,.,储为3亿吨。矿中含：Si0295.5％，AL2O3.1.47％，Fe2031％，TiO.0.1％，MO.0.12％，CaO+Mg.0.1％，灼烧灰粉0.8％。此石英矿中含钼、钦稀有金屑。
高岭土县内藏量仅次于萤石矿。已发现矿点：仁川乡玉环岭、七步岭头、胡庄、养鱼口、磁下等，新渥镇西庄、岩冈、岭头、长卢、大麦坞，云山乡白云山，岭口乡新艳。具有一定规模的矿床有尖山、仁川七步岭两处。现尖山镇少量利用制作陶瓷器，仁川矿床尚未开发。
膨润土有万苍乡斐坞村小平巷情报点。
装饰花冈石方前镇寺(辉绿岩1处，霞石碱煌岩1处)、玉峰(玄武岩、云山里坞坑(辉长岩)、天网马岭(紫红、淡红流纹凝灰岩)、大盘北桥（辉绿岩）。
【水】
全县平均降水总量为18.81亿立方米，平均降水深1573毫米，多年平均迳流深928.3毫米。全县水资源总量为11.12亿立方米，其中地表水9.228亿立方米，地下水1.892亿立方米(可采量0.83亿立方米)。水资源人均总占有量5694立方米，饼地亩均占有量7060立方米。目前已开发利用水量为2918万立方米，只占水资源总量的2.62％。
地表水县内小水电资源比较丰富。全县理论蕴藏量为53300千瓦，实际可以开发50000千瓦：其中钱塘江水系的夹溪、蟠溪、文溪占67.45％，(曹娥江上游之夹溪即占全县总数的51.1％)，灵江水系的始丰溪、溪炉港占23.85的％，欧江水系的好溪占8.7％。全部开发后，年发电量(按年2500小时计算)可达12500万千瓦·时。全县人均640千瓦·时。县内小水电资源的理论蕴藏量可开发性比例大，单位千瓦投资较少。五丈岩水库二级电站的开发投资，仅在干元／千瓦左右，比全省平均数(2500元／千瓦)要低得多，有很高的经济价值。
地下水安文、冷水等谷地相对平缓，分布有冲洪积，洪积砂卵石层，厚1—8米，接受补给条件较好，汇水面积相对较大，民井水位0.5—1米，出水量10一100吨／日，水质好，在目前开发利用的条件下，居民用水能基本满足。
方前盆地沟谷部位与平缓低丘，一般出水量为单井10吨／日。方前乌岩坑南粉砂岩层面裂隙出溢泉水水质分析：水质类型为HC03一Ca型，矿化度0.13克／升，HC03含量128.1毫克／升。
深泽盆地的冲沟和映谷内泉水出露较多。沿深泽至西华岭北，北西向泉水出露明显成带。据深泽南97号泉，泉水分析HC03：含量195.3毫克／升，矿化度0.2克／升。水质类型HCO3：一CaNo型。
县东北及北部台地，因台缘四周陡立，沟谷深几十米至百余米，地下水容易排泄；造成缺水。但在洼地及宽援坳谷的中心部位，汇水条件较好，有泉群溢出，形成部分沼泽湿地。表明有地下水的集聚和大气降水的地表水补给条件良好，布井挖筑，能获较丰的水量。尖山新宅162号泉，泉流分析，泉流量0.17公斤／秒，HC03含量27.5毫克／升，矿化度0.05克／升。水质类型屑HC03一Ca型。
高山峻岭，水量贫乏，一般泉水流量在0.1—1升／秒之间，出水量少于10吨／日，部分泉水资料为：
双蜂乡林场大岭头村393号泉，流量为0.2升／秒，固形物0.04克／升，水质类型HCO3一CaNa；，
大盘乡北山公路边400号泉，流量0.138升／秒.，固形物0.06／升，水质类型HC03一Na.Ca；
仁川乡407号泉，流量0.138升／秒，固形物0.02克／升，水质类型HC03一Na；
仁川乡荣坑口408号泉，流量大于4.0升／秒，固形物0.04克／升。水质类型HC03一Na。
万苍乡下岸167号泉，流量0.22升／秒，固形物0.05克／升，水质类型HCO3一Na。
【野生动植物】
动物
县域属东洋界北缘，与古北界接近，南北种类的各种动物多有分布，资源相当丰富。
哺乳纲属国家一级保护的珍贵动物有虎、豹(金钱豹和龟纹豹)；二级保护的有猕猴、香狸、赤麂、黑麂、穿山甲、野山羊(鬣羊)、还有豺、香姑狼、灰狼、黄鼠狼、貉(山狗)、黄猺(两头乌)、青猺(花面狸)、狸子、獾、猸子、刺猬、猾、草狐、水獭、旱獭、豪猪、黄廘、獐、白面猫、黑面猫、野猪、山兔、松鼠等。
鸟纲属国家一级保护的有秋沙鸭、天鹅等；属二级保护的有猫头鹰(红角鹗)、啄木鸟、绿啄木鸟、大斑啄木鸟等。还有地鸡、竹鸡、山鸡、鸬鹚、苍鹰、灰鹭、豆雁、鸢、鹌鹑、红腹角稚、野鸽、斑鸠、八哥、云雀、画眉、山莺、喜鹊、布谷、杜鹃；乌鸦、秃鸦、寒鸦、红嘴鸦雀、黄腹莺、金翅雀、麻雀、燕子等。
爬行纲蕲蛇、眼镜蛇、腹蛇、金环蛇、银环蛇、竹叶青、两头蛇、竹节花蛇、乌梢蛇、油菜花蛇、龟蛇、山乌龟、花龟、娱蛤、蝉龙、壁虎。
鱼纲有鲤鱼、鲫鱼、鲇鲐、鲴鱼、红霓鱼、马口鱼、石斑、虎鱼、乌鲤、鳗、黄鳝、泥鳅等。此外，甲壳爬行类有水龟、鳖(甲鱼)。节肢类有：虾、蟹。软体类有蚌、螺蛳等。
益虫类有蜻蜓、螳螂、赤眼蜂、蚜茧蜂、黄刺蜂、九里蜂、蜘蛛、寄生蝇、齿龄、食虫虻、蜂虻、泥蜂、土蜂、蜜蜂等。
全县有动物药材100多种，常年收购的30多种，其中有珍珠、穿山甲、虎骨、豹骨、蕲蛇、蜈蚣、龟壳、鳖壳等。1983年供销社收购的兽皮有黄鼠狼皮、狸子皮、麂皮、猸子皮、獾皮、香姑狼皮、青猺皮、黄猺皮、貉子皮、草狐皮、狼皮、野兔皮、水獭皮、松鼠皮等14种。
植物
县内野生植物属亚热带类型。天然次生林与人工栽植的用材林、经济林混合生长，为常绿针叶林和阔叶林。全县木本植物种类十分丰富，有86科、577种。属国家二级保护的珍稀树种有黄山木兰、厚朴、红豆杉、长叶榧、金钱松、杜仲、夏腊梅、银杏等10多种。万苍乡东山村金钱松胸径1.8米，树高22米，枝叶茂盛如华盖，树龄800年以上。尚湖镇山泽村有柳杉5棵、金钱松3棵、橡子4棵，胸径均在1米以上，树龄约800年。属国家三级保护的树种，有浙江樟、闽楠、浙江楠、兰果树、红子树等。草本有129科，944种。
竹类有毛竹、石竹、笙竹、斑竹、紫竹、水竹、淡竹、箭竹、慈竹、凤尾竹、天竹、罗汉竹、箬竹、苦竹、山竹等20多种。
野生药材据东阳、永康、缙云、天台等县志载，产于县内大盘山的有208种。据1986年中草药资源调查，全县植物药材1055种。常年收购的有前胡、茯苓、杜仲、桔梗、草乌、厚朴、钩藤、半夏、金银花、野菊花、山楂、八角枫、伸筋草、黄挂、乌药、何首乌、赤丹参、天麻、淡竹、白芨、寄奴、独叶一枝花、七叶一枝花、白薇、柴胡、枳实、紫苏、荆芥、薄荷、瞿麦、旱莲、金樱子、凌霄、百合、昌蒲、皂夹、石蜃、骨碎补(山姜)、白头翁、细辛、车前；艾叶、木瓜、麦冬、枸杞子、土茴香、威灵仙、天门冬、苍耳子、覆盆子、女贞子、益母草、樱核、杏仁、桃仁、防己、百部、龙胆草、甜茶、紫荆草、桑寄生、陈皮、吴芋、蒲公英、青木鱼、红木鱼、夜明砂、竹需、佩兰、姜片、黄仲、茜草、鱼鳖草、谷心草等。年收购量200余吨。
主要木本植物
银杏科银杏。
杉科刺杉、柳杉。
松科马尾松、短叶松、金钱松、江南油松、雪松。
罗汉松科罗汉松。
柏科刺柏、塔柏、扁柏、龙柏、侧柏、圆柏。
红豆杉科红豆杉、红金榧、木榧；长叶榧、榧树。
木兰科黄山木兰、厚朴、鹅掌楸、白玉兰、紫玉兰、深山含笑、南五味子等。
樟科樟树、肉桂、花皮桂、闽楠、乌药、紫楠、红楠、檫树。
蔷薇科石楠、海棠、棠棣、岩蔷薇、秀槐、黄檀、金樱子、花红等共有70多种。
苏木科皂黄、云实。
含羞草科含羞、合欢。
蝶形花科花榈木、槐树、铁扫帚。
兰果树科兰果、喜村。
金缕梅科金缕梅、蜡瓣花、铁萼枫香。
杜鹃花科红杜鹃、黄杜鹃、紫杜鹃、白杜鹃、麂角杜鹃、马醉木、毛果泪木。.
山茶科浙江红山茶、苦丁茶、紫茎、柃木、厚皮香等20多种。
梧桐科梧桐、罗桐。
杜仲科杜仲。
毛莨种威灵仙、铁线莲、大血藤、女萎。
桦木科光皮桦、川檫、鹅耳杨。
桑科构树、薛荔、珍珠莲、榕树、柘树等10多种。
杨柳科响叶杨、钻天杨、垂柳、旱柳、河柳、银叶柳、加拿大柳。
壳斗科石栎、苦槠、白栎、乌冈栎、青冈栎等10多种。
榆科白榆、榔榆、朴树、大叶榉、紫弹树。
大戟科野桐、虎皮楠、重阳木等10种。
防己科木防己、蝙蝠葛。
钟萼术科钟萼木。
大风子科山桐子。
瑞香科结香、北江葛花。
旌节花科中国旌节花。
八角枫科八角枫、瓜木。
海桐科海桐、海金子。
野牡丹科中华野海棠、过路惊、鸭脚茶。
野茉莉科郁香野茉莉、赛山梅、玉锭花、银钟树、白龙花。
紫金牛科紫金牛、杜茎山、光叶铁子、朱砂根、血党、小丹、大罗山树、百西金。
紫薇科紫薇。
木通科野木瓜、木通、三叶大通、莺爪枫。
杜英科杜英、山杜英、薯豆、猴欢喜。
山茱萸科山茱萸、青萸叶、灯台树、四照花。
猕猴桃科猕猴桃(藤梨)、掌梨、毛花杨桃。
