莎车远在西周成王诵时期就已开始与中原保持联系，曾进献白玉、野马等物。
汉武帝曾两次派张骞出使西域，都途经莎车等地。汉元康元年（前65）,宣帝刘询应莎车国使节之求，遣使者奚充国送解忧公主（嫁乌孙王）之子万年出任莎车王，莎车归属汉朝。汉神爵二年（前60）,汉朝在乌垒设西域都护府，莎车受其管辖。东汉建武五年（29）,汉遣河西大将军窦融承制封莎车王康为建功怀德王、西域大都尉。东汉永平车年（61）,莎车被于阗兼并。其后，匈奴又将莎车王贤的质子不居徵立为莎车王。永平十六年（73）假司马班超与从事郭恂使西域，其时于阗王广德，又攻杀不居徵，立其弟齐黎为莎车王，莎车时顺时叛汉朝。班超发于阗等国兵击败莎车。汉永元三年（96）,汉复立西域都护，莎车受其管辖为。永初元年（107）六月，汉罢西域都护府，莎车又役属匈奴。
魏黃初二年（221）,设西域戊已校尉，莎车归魏。晋泰始元年（265）,晋代魏立，仍置西域戊已校尉，莎车归晋。晋咸 康二年（336）,西域尽入前凉版图，今县境受其管辖。晋太元九年（384）,前秦将军吕光征龟兹获胜，今莎车一带使节随鄯善王比龙入朝，向宁称臣贡献。北魏太延元年（435）西域诸国相继朝贡于魏，《魏书》称渠沙国为故莎车城。北魏和平元年（460）,柔然汗国占据天山一带，今县境属柔然势力工范围。高昌沮渠余众的一部分奔莎车，沮渠被译作“朱居波”、“悉居半”、“遮拘迦”等，今莎车一带在朱居波属高车的势力范围，北魏太和二十一年（497），吠哒占据天山南路，朱居波受吠哒统治。北周保定二年（562）,突厥与波斯联合击败吠哒，突厥势力进入今县境。
隋仁寿三年（603）,突厥汗国正式分裂为东西两个汗国，今县境受西突厥统辖。
唐贞观二十一年二十二年（647～648）,唐伐龟兹，叶蕃发兵助战，其势力一度进入昆仑山北麓今莎车一带。唐显庆四年（659）,唐朱居波等地置州、府、县。唐咸亨元年（670）,吐蕃陷安西四镇，今县境为吐蕃占有。唐咸亨四年（673）,长史蕭嗣业统东突厥部西征，重新控制葱岭以东，今莎车一带又归唐朝管理。唐天宝十四载（755）,“安史之乱”后，唐在西域的驻军被调往内地，吐蕃乘机夺取河泷之地。至8世纪90年代初，南疆地区全部落入吐蕃之手，县境一带为吐蕃辖地。9世纪末，今莎车境属喀拉汗朝。
宋太祖开宝三年（971）,今县境一带在西方文献中被称为鸭儿看，后译为叶尔羌。宋建炎二年（1128），今莎车一带属西辽，宋嘉定十一年（1218）属蒙古汗国。蒙古太祖二十年（1225）,成吉思汗将其领地分封诸子，鸭儿看，在察合台汗封地之内。元至元十一年（1274）,元世祖忽必烈下诏安抚鸭儿看。元大德六年（1320）叶尔羌东察合台汗国。
明正德九年（1514）,莎车古城为萨亦德建立的叶尔羌汗国国都，莎车城成为叶尔羌汗国的政治、经济、文化中心。清康熙十七年（1678）,叶尔羌归属准噶尔汗国。乾隆二十四年（1759）,清政府平定大小和卓之乱后，定边将军和参赞大臣驻扎叶尔羌城处理新疆军政大事。其后设办事大臣、参赞大臣。清光绪二十八年（1902）,莎车直隶州升为府，所置皮山县、蒲犁厅（今塔什库尔干县）属莎车府管辖。
民国初年仍沿袭清末旧制，民国2年（1913）撤府设县，设立莎车县，仍由喀什噶尔道辖。民国17年（1928）,莎车划为莎车、叶尔羌两县。民国31年（1942），新疆省府决定将两县合并，在莎车设第十区行政长官公署，后改为莎车行政督察专员公署，辖莎车、泽普、叶城、麦盖提4县。直至1949年9月25日新疆和平解放，莎车一直为专署所在地。
1956年4月21日，莎车专署撤销，莎车县隶属喀什专区。
