每年6月上旬到10月上旬为墨脱的开山期，气温高，雨水多，道路泥泞，细菌毒虫多，进入墨脱前必须做好相应的防护准备。总体来说，墨脱的动植物对人危害不大，毒蛇猛兽通常不主动攻击人类，而旱蚂蟥和花蚊蝇是对人类最频繁的袭扰对象，这里只介绍对这两种小动物的防护。
1、旱蚂蟥的防护——旱蚂蟥在墨脱2500米以下地区都有，海拔越低，数量种类越多，尤植被密集地带居多。墨脱的当地人把旱蚂蟥分为“牦牛蚂蟥”、“迷彩蚂蟥”和“小蚂蟥”三种。在传统的旅游线路上，最多的地方在汗密、老虎嘴到3号桥段；墨脱县城至仁钦棚段；达木到格当下那巴的“蚂蟥山”段。旱蚂蟥通常晒居在潮湿的草丛树叶上，阴雨闷热天气最多，遇人或动物经过时迅速吸附在其身体上吸血，吸饱后自然落下。人受袭后通常血流不止，流血至与蚂蟥吸入数量相当时自然止血。一周后，伤口发痒，一月后症状消失。
防护蚂蟥，尽量穿着高腰鞋袜，长袖内衣，扎紧裤口和内衣下摆，必要时用胶布类贴牢裤缝，步行中不碰撞草丛树叶，不在阴湿地带停留。防范药物仅“清凉油”持续时间长，效果最好，可在暴露的身体部位经常涂抹一些。遭到蚂蟥吸附或吸血后，不用惊慌，拔掉即可，没有必要使用这样那样的方法，因为蚂蟥只在皮肤表面吸收，根本就没有那种钻进肉体吸血的误传。流血时，抹些消炎药，贴上“创可贴”
2、花蚊蝇的防护——花蚊蝇是墨脱人的俗称，因其体形如苍蝇，嘴如蚊子而得名。花蚊蝇体形很小，却毒性很强，几乎遍布整个大峡谷地区。被其叮咬时不会有丝毫感觉，只留下一个小血泡，几小时后才感觉红肿，紧接着奇痒无比，之后化脓溃烂，皮肤表层易结疤，但皮肤里的毒性不易排除，还会不断奇痒，一直要持续约两个月才会痊愈。
防备花蚊蝇的方法，一般是经常在皮肤上涂抹一些“清凉油”、“风油精”之类的药物，经常检查暴露在外的皮肤情况。遭到叮咬后，要及时用手将血泡里的血水挤掉，抹上风油精，贴上“创可贴”，感觉发痒时用同样方法再反复挤几次。
