北宋元丰元年(1078)，知县王竟创建于涡河北岸漆园城，后被黄河水淹没。明代万历九年(1581)，蒙城知县吴一鸾于今址重建，时有逍遥堂、梦蝶楼、大门、二门、鱼池桥、观鱼台、道舍等建筑，布局严谨，规模宏大。
明代崇祯五年(1632)，知县李时芳重修逍遥堂，增建“五笑亭“，辟池为”濠上观鱼园“，并亲撰《新修庄子祠记》。明清之际，屡历兵劫，遂渐颓毁，所存无几。清代至民国中期，增设景点，以壮观瞻。在通道两侧建碑亭两座，立碑八块，镌刻前贤题咏和乡贤义行诗文；大门两侧分立碑林，一字排列，计三十余块。此后，庄子祠旧址寻得苏轼《庄子祠记》残碑、
明宗伯汪镗《新建庄子祠记》碑，今收藏于庄子祠内。1995年6月28日，重建庄子祠工程破土动工。特请中国科学院自然科学史研究所古建筑专家张驭寰教授设计，恢复昔日庄子祠内“逍遥堂”、“梦蝶楼”、“鱼池桥”、“观鱼台”、“五笑亭”、“道舍”等景观；增辟“濮池”为庄子隐钓濮水新景点，一座仿汉代建筑风格的庄子祠又重新屹立在庄周故里。